Водите во Охридското езеро се загадуваат со отпадни води од фекалната канализација. Канализациониот систем кој е изграден во 2013 година не функционира, се забележува во најновиот извештај на Институтот за јавно здравје кој се однесува на квалитетот и здравствената безбедност на површинските води за капење и проценка на здравствениот ризик за време на летната сезона. Градоначалникот на општина Охрид, Кирил Пецаков во телефонско вклучување во првите вести вели дека станува збор за нефункционирање на колекторскиот систем на неколку точки и на тоа се работи.